Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) tedavisi hastalığın seviyesine, bulguların şiddetine ve hamile kalma arzusuna göre değişebilir.

Hafif bulguları olan kadınlar için:

Eğer hafif bulgularınız varsa ve çocuk sahip olmayı yakın zamanda düşünmüyorsanız daha basit tıbbi müdahalelere başvurmayı düşünebilirsiniz. Bu durumda herhangi bir tedavi uygulamadan düzenli kontrollere gelmeniz önerilerek beklenir. Bu kontrolleriniz sırasınca herhangi bir  ciddi hasarın oluşmadığından (sessiz böbrek kaybı gibi) ve mevcut bulgularınızın kötüye gitmediğinden emin olmak için çeşitli testler yapılır.

Bahsedilmiş olduğu gibi Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı)’in kesin bir tedavisi bulunmamaktadır. Ancak hafif bulgular için aşağıda bulunan alternatif terapiler ve/veya reçetesiz ilaçlar ve ağrı kesiciler yardımcı olabilir.

Daha ciddi bulguları olan kadınlar için:

Daha şiddetli bulgular yaşayan kadınlar için tedavi yöntemleri aşağıdaki gibi olabilir:

• Ağrıyı kontrol etmek için reçete ile verilen daha kuvvetli ağrı kesici ilaçlar.
• Endometriozisin (Çikolata kisti hastalığı) büyüyüp kötüleşmesini engellemek için uygulanan hormon ilaçları.
• Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) lezyonlarını, nodüllerini, kistlerini, yapışıklıklarını temizlemek için yapılan ameliyat.
• Yumurtalık ve  tüpleri yerinde bırakıp rahmi alarak yapılan ameliyat.
• Yumurtalıkları, tüpleri ve rahmi hepsini alarak yapılan ameliyat.

Ağrının iyileştirilmesinde etkili olsalar da, reçeteli veya reçetesiz ağrı kesiciler bazı yan etkilere sebep olabilmektedirler ve Endometriozisin büyümesini engelleyemezler. Hormon tedavileri de hem uzun vadeli kullanım gerektirmekte hem de bazen hastaların katlanamadığı, günlük yaşantılarını etkileyen yan etkilere sahip olabilmektedirler.

Bunun gibi kusurlar yüzünden Endometriozisin en etkili tedavisi, minimal girişimsel biçimde olmak üzere “cerrahi müdahale yapılması” olarak kabul edilmiştir.

Ulusal Sağlık Enstitüsü’nün bu önerilerinin yanında bazı başarılı araştırmalar da Endometriozisin en etkili tedavisinin, evresi fark yaratmaksızın, ağrı kontrolü ve doğurganlık sonuçları göz önünde bulundurulunca, cerrahi prosedür olduğunu göstermiştir.

Araştırmalar, Endometriozisden kaynaklanan kısırlığı olan kadınların cerrahi müdahale sonrası hamile kalma şanslarının arttığı gözlemlemiştir. Hatta bağırsak, idrar torbası, üreterler, diyafram, göğüs ve akciğerler gibi organlara yayılmış geniş ölçüdeki bir hastalık bile minimal girişimsel bir teknik olan laparoskopi (kapalı ameliyat) ile çıkarılabilmektedir.